Сюжэт:

Космический грузовик «Ностромо» транспортирует к Земле груз руды. Команда погружена в анабиоз. Когда автоматика корабля переводит анабиозные камеры в режим пробуждения, члены экипажа поначалу полагают, что рейс окончен и корабль находится вблизи Земли. Однако обнаруживается, что «Ностромо» находится в системе ζ-2 (Дзета-2) созвездия Сетки возле неизвестной планеты. Компьютер корабля прервал рейс, получив с этой планеты регулярный радиосигнал. В соответствии с основными инструкциями команда обязана исследовать источник сигнала.

Экипаж пересаживается с основного корабля на шаттл и опускается на поверхность планеты. К источнику сигнала отправляются капитан Даллас, его помощник Кейн и штурман Ламберт. Они обнаруживают колоссальную конструкцию, похожую на потерпевший крушение инопланетный звездолёт. Исследуя корабль, Кейн спускается в его нижнюю часть и видит там что-то вроде кладки яиц. Кейн наклоняется чтобы рассмотреть одно из яиц, оно раскрывается и на Кейна выпрыгивает неизвестное существо, которое прожигает шлем его скафандра и присасывается к лицу.

Даллас и Ламберт относят находящегося в коме Кейна к шаттлу, на мостике которого дежурит Рипли. Узнав, что Кейн поражён неизвестным биологическим организмом, Рипли отказывается впустить группу в шаттл, следуя требованию устава об обязательном суточном карантине. Однако Эш игнорирует решение Рипли и вопреки правилам вручную открывает шлюз, чтобы впустить команду.

После возвращения на «Ностромо» Эш и Даллас проводит первичное исследование и выясняют, что инопланетный организм удерживает Кейна в состоянии комы. Снять организм не представляется возможным — он прочно держится за кожу лица и шею, а при попытке отрезать часть организма выясняется, что его кровь представляет собой сильную кислоту, способную прожечь внутренние перекрытия корабля на несколько уровней.

Через некоторое время Эш обнаруживает, что странное существо освободило Кейна и, похоже, умерло. Экипаж возвращается на «Нострономо». Кейн вскоре приходит в себя. Экипаж готовится снова лечь в криокамеры, но во время «праздничного ужина» у Кейна вдруг начинается приступ. Он опрокидывается на стол и из его тела, пробивая грудную клетку, выбирается небольшая, похожая на змею, тварь. Паркер хватает нож, чтобы убить её, но Эш его останавливает. В это время существо быстро покидает помещение и скрывается в лабиринтах огромного корабля.

Похоронив Кейна в открытом космосе, Даллас и другие члены экипажа отправляются на поиски существа, однако путают с ним Джонса (кот экипажа корабля). За это время маленькое змееподобное существо сбросило кожу и выросло во взрослую особь. Брэтт решает найти кота, отбивается от группы и его убивает уже взрослый Чужой. Даллас отправляется с огнеметом на поиски Чужого в вентиляционную систему, но когда он неожиданно обнаруживает его, связь с Далласом прерывается. Командование «Ностромо» и доступ к бортовому компьютеру переходит к лейтенанту Рипли. Она обнаруживает, что у компьютера есть скрытые сверхприоритетные инструкции — изменить курс «Нострономо», исследовать новую форму жизни и доставить образцы на Землю, даже если придётся пожертвовать экипажем. Рипли решает эвакуировать команду с корабля и дать «Ностромо» приказ на самоуничтожение. Медик Эш, который оказывается синтетическим человеком, пытается убить Рипли — уничтожение Чужого для него недопустимо; однако пришедшие ей на помощь Паркер и Ламберт выводят синтетического человека из строя.

Ламберт и Паркер переносят в спасательную капсулу необходимые приборы и запасы, а Рипли отправляется в рубку, чтобы запустить процедуру самоуничтожения корабля. Чужой нападает на Ламберт и Паркера и убивает их, перекрывая для Рипли путь к спасательной капсуле. Отменить запущенную процедуру самоликвидации корабля Рипли уже не успевает. В конце концов она всё-таки пробирается в спасательную капсулу и успевает отойти от «Ностромо» до того, как корабль взрывается.

Готовясь к погружению в криосон, Рипли вдруг обнаруживает спрятавшегося в капсуле Чужого. Ей удаётся надеть скафандр, разгерметизировать капсулу и вытолкнуть с помощью гарпунного ружья Чужого в открытый космос. Рипли выбрасывает ружье, но шлюз капсулы в последний момент придавливает трос, на котором держится Чужой. Он пытается забраться в сопло, но Рипли включает двигатели корабля и Чужого выбрасывает в космос.

Рипли ложится в анабиозную камеру. Анабиоз должен продлиться до тех пор, пока её спасательная капсула не будет обнаружена.

Вырезанные сцены:

В DVD-издании 2003 года фильм вышел со сценами, которые до этого были вырезаны из театральной версии. Правда, в данное издание вошла лишь половина тех вырезанных сцен, потому что другая половина не сохранилась.
В самом начале фильма было два дополнительных кадра, которые демонстрировали внешний дизайн тягача.
После того, как в самом начале Кейн просыпается, он в халате приходит в столовую, включает кофемолку и здоровается с подошедшей туда Ламберт.
Команда «Ностромо» стоя на капитанском мостике прослушивает тот самый таинственный сигнал.
Когда Ламберт, Даллас и Кейн подходят к инопланетному кораблю, были вырезаны кадры, показывающие корабль с другого ракурса.
Прежде, чем спустить Кейна в подземный туннель, наверху устанавливают лебёдку.
Ламберт и Даллас вносят Кейна в шлюз «Ностромо».
Стычка между Ламберт и Рипли, из-за того, что последняя не хотела их впускать в корабль.
Члены команды проходят в медицинский отсек и осматривают Кейна. Ламберт замечает на экране сканера какое-то пятно в грудной клетке Кейна.
Разговор между Паркером и Бретом в одном из подсобных отсеков во время ремонта.
Сцена смерти Брета в сценарии была описана по другому. Чужой просовывал между его ногами свой хвост и втыкал жало ему в затылок. Данный кадр был снят, но почему-то был вставлен в сцену смерти Ламберт. В последствии концепция этой сцены была разрисована в комиксе, выпущенном «Heavy Metal».
У сцены смерти Брета есть так же и альтернативный вариант: Чужой сдавливает лапами голову Брета и хлещет кровь.
После того, как Чужой утаскивает Бретта, в отсек прибегают Рипли и Паркер. Паркеру на футболку сверху капает кровь.

Интересные факты:

Альфред Ван Вогт выдвинул против создателей фильма судебный иск, обвинив их в заимствовании сюжета его рассказа «Discord in Scarlet» (1939), но проиграл слушания.
В 2002 году фильм, как имеющий большое художественное значение, был внесен в Национальный кинорегистр США.
В 2003 году выпущена режиссёрская версия фильма, в которой были добавлены несколько существенных сцен — например, сцена, в которой Ламберт нападает с кулаками на Рипли, после того как та не хотела впускать её с Далласом и Кейном на шаттл; сцена, в которой Рипли находит Далласа, вмурованного в «гнездо» Чужого, и сжигает его огнемётом, и другие.
В стилистике и сюжете фильма прослеживается аналогия с более ранним советским фильмом «Туманность Андромеды» — в эпизодах орбитального облета планеты, в нахождении на её поверхности древнего звездолёта неизвестной цивилизации, в визуальном решении эпизодов «звездолёт на чужой планете». В фильме «Чужой», так же как и в «Туманности Андромеды», один из членов экипажа корабля после «контакта» с инопланетыми существами впадает в «коматозное» состояние. Впрочем, вероятнее всего это не более чем случайное совпадение.
Идея чужих перехлёстывается с фильмом «Мерзость», инфекция через ротовую полость, инкубация в теле, и выход через живот/грудную клетку.